腦血管造影是一項檢查，整體風險性很低，但屬于創傷性檢查。臨床當中最常見的風險是缺血性事件，比如術中因為導管的刺激造成的血管痙攣，導致腦部缺血。還有繼發于導管導絲引起的血栓栓塞或者是氣栓，導管導絲通過斑塊時造成動脈斑塊的剝落導致腦栓塞。還有穿刺點的出血導致瘀斑、大動脈出血，以及造影劑導致的腎功能異常等。 極少數腦血管造影因為顱內壓力的輕微變化，可能會誘發動脈瘤和血管病變處破裂，但是發生率非常低。另外腦血管造影是通過X線檢查，X線對人體確實有輕微傷害，也需要注意。