HPV感染的治療主要跟個人的免疫功能有關，年輕的、抵抗力強的HPV感染，如果細胞血沒有異常可以推薦觀察，半年到1年以后復查，機體都有抵抗能力，很多人能夠把病毒清除，可能1年以后復查病毒已經轉陰了。病毒持續性陽性、1年還是陽性，持續性陽性的致病力比較強，會破壞宮頸的表面組織引起宮頸癌前病變到宮頸癌，要根據情況不同進行相應處理。如果持續HPV陽性尤其是16、18致病性很強的類型又有細胞學異常，要轉診陰道鏡，陰道鏡下異常做活檢確定病變程度是不是需要做手術治療。 如果單純是HPV持續陽性，而細胞學、陰道鏡都正常，給時間觀察隨訪仍然不能轉陰可以考慮醫學干預，比較常見的就是藥物治療。可以用中藥類，清理宮頸病毒感染炎癥相關的也可以用抗病毒栓劑，像干擾素栓等。同時也可以采用物理治療，根據情況用激光、微波達到清除病毒的目的，也會讓病人增強自身抵抗力能夠更好的清除病毒。