即使是在戴避孕套的情況下，也可能傳染HPV，比如HPV6型、HPV11型這兩種低危型HPV感染。若在預防感染的情況下，即使戴避孕套，只是陰莖的部分沒有接觸到女性的陰道，但陰囊部分還會接觸，所以還有可能導致HPV感染。HPV感染通常表現為在外陰、陰道、宮頸、肛門周圍，有灰白色、菜花一樣的贅生物，還會引起陰道分泌物增多、外陰瘙癢等癥狀。因此，建議若一旦感染HPV，導致局部出現皮損，就要積極給予治療。另外，在戴了避孕套的情況下，男性也會被感染，比如導致男性出現龜頭、包皮、其他生殖部位，有灰白色、菜花一樣的贅生物。此外，即使是在戴避孕套的情況下，也可能感染高危HPV，造成女性宮頸上皮出現病變的可能性，如癌前病變、癌變。