臨床上清洗眼睛常見于手術前的術前準備，通過0.9%的生理鹽水清洗結膜囊，可獲得較潔凈的手術區域，使用含人工淚液的眼藥水同樣能達到清潔眼表的作用。如果眼睛有較多小的雜質進入，通過清洗眼睛，可以將臟東西沖刷出去。遇到酸、堿等化學傷時，清洗眼睛可降低溶劑濃度，減少對眼表的傷害。但正常情況下不推薦使用清潔液清洗眼睛，因為正常情況下結膜囊有淚液，而淚液本身就有自潔作用，可以保證眼內處于較清潔狀態。此時用清潔液進行清洗，會破壞眼表穩定狀態，使淚膜功能受到影響，導致干眼癥狀。