肛內尖銳濕疣一般3個月，甚至是更長的時間，才會痊愈。肛內尖銳濕疣的治愈時間受多種因素影響，與每次治療是否規范、徹底有關。肛內尖銳濕疣與普通部位的尖銳濕疣相比，特點就是位置比較特殊。有的可能比較深在，可以到達肛管齒狀線上下部位。一般采取普通的物理治療，如激光冷凍。如果不能使肛門括約肌充分放松，通常很難將深部的尖銳濕疣疣體徹底清除，可能會有殘余的尖銳濕疣病變組織。一次治療清除不干凈，過一段時間就容易復發。所以肛內尖銳濕疣，相比于肛外或者外陰部尖銳濕疣，復發率通常更高，治愈也需要更長的時間。通常需要結合光動力療法等方法，以及藥物方法，才能將其清除干凈。有時還需要皮膚科和肛腸科兩個科室協同治療，才可能將其治療痊愈。具體的治療時間不是太好判定，多數需要反復3-5次，甚至更長的時間。每次間隔可能2-3周，加起可能需要3個月，甚至是更長的時間，才可能將其治愈。