長期應用碘伏可能會產生耐藥或對人體正常菌群產生損害，長期應用碘伏，除對污染或者感染病菌進行消毒，對周邊正常組織、正常菌群也產生破壞，容易導致該區域有真菌產生。因此通常情況下如果確實有感染癥狀，要考慮是否清創不徹底或者感染源頭未處理，此時要進行外科干預。如果皮下有膿腫要切開，甚至創口只是表面愈合，內部仍有感染灶，要建立完好、順暢的引流裝置，才能解決感染問題，避免長期應用碘伏。