HPV4價疫苗比HPV2價疫苗多了一個防性病的功能，但是它們的防癌效果是一樣的。HPV4價疫苗和HPV2價疫苗能防癌的原因，是都能夠針對HPV16和HPV18型，這兩型致病能力較強，可以導致七成左右宮頸癌的發生。HPV4價疫苗比HPV2價疫苗還多一個功能，就是預防HPV6和HPV11這兩種的低危型，低危型HPV6和11不是導致宮頸癌，而是導致生殖器疣的類型，所以兩者防癌效果基本一致。如果疫苗特別緊缺的話，注射哪種都可以，因為防癌效果是最主要的，其它的只是附帶。對于一個個體而言預防7-8成，還是預防8-9成的宮頸癌其實效果是差不多的。HPV疫苗重要的影響因素還包括年紀，越年輕疫苗的反應越好，接種效果也越好。另外就是HPV感染前接種效果會更好，HPV疫苗是指預防沒有感染過的HPV的型別，如果已經感染了某種HPV型別再接種相關疫苗對其是沒有作用的。