進行乳房穿刺活檢時通常受檢者會感受到疼痛，但多數人可以忍受，而少數人無法忍受。乳房穿刺包括細針穿刺及粗針穿刺，細針穿刺的疼痛程度相對較輕，與注射治療的疼痛程度類似，但取得的組織較少，細胞學檢查可能會出現假陰性，即穿刺結果相對不準確。粗針穿刺的穿刺結果相對較準確，但粗針穿刺較為疼痛。而目前麻醉藥物效果較好，所以醫生通常會給受檢者進行局部麻醉，再進行乳房穿刺活檢。