腔鏡手術的術后并發癥和開放手術基本上類同，最常見的有喉返神經損傷，導致病人聲音嘶啞，甲狀旁腺損傷出現旁腺功能障礙，表現出病人手麻木、抽搐，更嚴重的怕出現術后出血，因為腔鏡病人，創面相對更大，出血概率可能要比開放手術更高。只要出血是非常嚴重的并發癥，甲狀腺手術在氣管周圍一旦出血，甚至沒有及時發現，會危及病人生命，會導致病人窒息甚至死亡的問題。相對于開放手術來說，可能會有皮膚明顯燙傷，引起皮膚燒傷，甚至有的病人需要植皮，這是它不同于開放的手術的并發癥。 有病人會出現皮下氣腫。一般皮下氣腫大多數過上一段時間就會吸收，對病人沒有太大影響，大多數原因是由于手術時間過長而造成，腔鏡手術和開放手術相比沒有明顯增多的并發癥發生，是相對安全的手術方式。