泌尿系感染血尿的治療以抗感染為主，以選擇適當有效的足療程抗生素為主要治療方式。如果兒童尿路刺激癥狀比較重，可以用碳酸氫鈉堿化尿液，并且鼓勵患兒多喝水促進尿液排泄。盡量在用抗生素前接取中段尿進行尿培養，取得的藥敏結果指導以后的抗生素選擇。 泌尿道感染最主要是用足療程，也要發現引起泌尿道感染的潛在因素，比如包莖、常見的尿路畸形、后尿道瓣膜以及膀胱、輸尿管反流，嬰兒發生上尿路感染，反復發生的患兒尤其要注意找出引起泌尿道感染的后面潛在因素。