ERCP手術副作用實際上是術后并發癥，ERCP術后主要并發癥包括出血、穿孔、重癥胰腺炎、感染，這是四個主要并發癥。其中前三個并發癥若很厲害，都具有致命性，為最嚴重的并發癥。ERCP總體來說安全性很高，有死亡率，但是百分比不會很高，有可能是千分之零點幾，最高有可能達到2‰。 好多醫生跟患者說ERCP手術是小手術，是微創手術，實際上并不是小手術，其具有一定手術風險，而且在手術級別里屬于四級手術，四級手術指手術技術難度和風險最高的手術。術后最嚴重的并發癥即出血、穿孔和重癥胰腺炎，這三條屬于致命性并發癥。 各個并發癥都有處理辦法，若出血，首選內鏡下治療。若內鏡下不能進行有效治療，可介入下治療。若介入下不能進行有效治療，最后即外科開腹治療，但其具有反復發生的問題，幾乎99%術后出血都能在內鏡下治療，達到止血效果。另外，穿孔，現在內鏡水平提高后穿孔可進行內鏡下修補。重癥胰腺炎，現在藥物、各種方法都可以治療重癥胰腺炎，其死亡率也是逐年下降，總死亡率還是在2‰以下。