腎結石通常不選擇體外沖擊波碎石，尤其是雙側同時碎石，對腎臟損害較大。體外沖擊波碎石是在體外看不見明顯損傷，其實在腎臟里會有出血、炎癥反應。若兩側同時碎石，會影響腎臟的分泌功能，若長期多次反復碎石，其會引起慢性炎癥，遠期并發癥會出現腎臟萎縮、腎性高血壓等并發癥。若雙側同時發生腎結石，通常不選擇同時進行體外沖擊波碎石。目前雙側結石，通常選擇軟鏡，效果較好、并發癥少，恢復結果令人滿意。