消化科的疾病種類較多，因為消化科的內鏡可以完整看到整個消化道，包括食管、胃、小腸、結腸，還有肝、膽、胰等消化臟器。具體如下：1、食管病變：如食管的炎癥、腫瘤；2、小腸病變：如小腸的腫瘤、小腸的出血，還有結腸的炎癥、非特異性結腸炎，或者是炎癥性腸病，包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，以及結腸的腫瘤；3、肝臟病變：各種原因所導致的肝炎，如自身免疫性肝炎、脂肪性肝炎，藥物性肝炎等等，以及不同的原因導致的肝硬化，到失代償期可能出現的并發癥，如腹水、消化道出血等；4、胰腺病變：如急、慢性的胰腺炎癥，還有胰管的病變，以及占位性的病變；5、膽道系統病變：如膽總管的結石等。