弓形蟲的治療最主要的方法是藥物治療，通過有效的藥物治療可以殺滅弓形蟲，還可以殺滅包囊。臨床上可用的藥種類比較多，比如乙胺嘧啶、磺胺嘧啶、復方新諾明、螺旋霉素、克林霉素、阿奇霉素等，均可能成為有效的抗弓形蟲病藥物選擇。在臨床上選藥的時候還要格外關注病人本身的具體的情況，根據患者的具體情況確定最合適的方案，具體如下：1、要考慮患者是不是妊娠狀態，因為孕婦與非孕婦用藥選擇不同；2、患者感染的是不是先天性的弓形蟲病，用藥選擇也會有所不同；3、病人免疫功能是正常還是免疫功能受損，免疫功能受損的人最具有代表性的是艾滋病人群，這類患者在選藥的時候用藥的療程以及各方面也會有所不同。