肛門一旦形成膿腫，使用消炎藥物治療效果并不理想。臨床治療肛門膿腫主要采取局部治療，尤其是切開引流。確診為肛門膿腫后，需確定膿腫的部位、深度。無論皮膚軟組織淺表感染，還是肛瘺導致肛門膿腫，均應及時切開有波動感的膿包，即用刀挑開皮膚并排空膿性分泌物。如果皮膚軟組織感染，切開膿腫且控制感染后，膿腫可自然消退，不會產生明顯后遺癥。如果肛門膿腫與肛瘺相關，會表現為膿腫反復發作、遷延不愈，應注意尋找肛門內是否存在開口，即肛門內口、外口連接的肛瘺。只有積極切開瘺管，待完全愈合后，肛周膿腫才會自然消失。