先天性角膜白斑通常會合并有青光眼、白內障，一般先天性青光眼不會合并有角膜白斑，先天性青光眼和角膜白斑是兩種疾病。但是在出現先天性角膜白斑時，可能會合并青光眼，主要是由于在胚胎發育期，體表外胚層與晶體囊泡沒有完全分離，或者瞳孔殘膜與晶體發生粘連，和角膜也發生粘連，因此可以發現，先天性角膜白斑合并青光眼，是胎兒在母體內發育的時候形成。先天性角膜白斑形成的時候合并有青光眼，最常見的還合并有眼內組織缺損、下段虹膜缺損。這時要引起高度重視，尤其是合并青光眼，會影響到嬰兒視力發育，需要積極干預和處理。對于角膜白斑如果影響到嬰兒視力發育，在四歲前盡可能要進行角膜移植。同時要注意由于眼內組織缺損，可能會合并有其他問題，比如眼底疾患、視網膜疾患，孩子形成弱視的概率比較高。