電子胃鏡在檢查前會有一些準備工作，如果做普通電子胃鏡，做之前會讓患者服用含有局麻藥的去泡劑，對咽喉部有局部麻醉的作用，檢查時會減少患者惡心、嘔吐等咽喉部反射，如果操作醫生比較熟練，不會有明顯的咽喉部疼痛，但在做的過程中會有惡心感覺，這時需請患者配合醫生的操作及明確注意事項，可減輕不良反應。 如果患者咽喉部特別敏感，檢查時會有局部黏膜損傷，可能出現疼痛，大多時疼痛可以耐受，并且在1-2天內緩解、恢復。如果有的人對胃鏡檢查非常敏感或者恐懼，還可以選擇無痛胃鏡，在靜脈麻醉下做胃鏡不會出現痛苦的感覺。