潰瘍性結腸炎在發展的過程中有癌變的風險，對于全結腸炎的患者，病程如果超過8-10年，以及左半結腸炎的患者病程超過15年，其癌變的風險就會比正常人要大大地增加。潰瘍性結腸炎的癌變的機制，是腸黏膜上皮細胞在炎癥狀態下反復修復，會導致息肉以及腺瘤的產生，而結腸癌就在這個基礎上發生。對于潰瘍性結腸炎時間較久的患者，最重要的一點就是要定期監測結腸鏡，對于很多息肉的患者，要多部位取活檢，要進行放大染色的內鏡的觀察，來切除可疑的息肉。而對于結腸中數目有很多的息肉，潰瘍性結腸炎的患者，可能需要進行全結腸的切除，來預防結腸癌的發生。因此潰瘍性結腸炎的治療當中，患者的依從性非常地重要。因為潰瘍性結腸炎需要長期服藥，療程要在3-5年，個別患者因為病情比較嚴重，可能需要終生長期服藥。如果患者依從性差，經常武斷地進行減量或者停藥，會導致病情反復發作，炎癥反復發作，結腸黏膜反復的修復就會造成腫瘤，結腸息肉的發病率增加。