甲硝唑水在臨床上主要用于治療厭氧菌所導致的感染性疾病，甲硝唑水一般是指甲硝唑的漱口水或溶液劑，通常用于治療口腔感染，口腔感染一般由厭氧菌誘發，因此甲硝唑起到了抗菌、消炎的作用，可以用于口腔炎、牙周炎、牙齦炎患者。甲硝唑主要具有抗菌作用，屬于硝基咪唑類的抗菌藥物，發揮抗菌作用主要是通過分子中所含有的硝基，能夠在無氧環境下還原為具有細胞毒作用的基團，從而起到抗菌功效。甲硝唑對厭氧菌具有比較明顯的抗菌作用，除此之外，甲硝唑對于阿米巴蟲以及滴蟲也能夠起到殺滅功效。同時要注意在使用甲硝唑之前不能夠飲酒，也不能飲用含有酒精的飲料。