真菌肺炎是由于真菌感染造成的肺炎，常見的真菌感染主要有兩類：一是念珠菌感染，相對癥狀較輕，基礎抵抗力比較差者病情較重；二是霉菌感染，相對治療較好，但相對治療療程要長，且藥物副作用相對較大，急性感染、基礎抵抗力較好者，絕大部分都能治愈，特別是急性感染都能治愈，但治療時間較長，至少3個月到半年。如果出現慢性感染，時間更長，如果出現半侵襲性，治療時間長且部分不能完全治愈。如霉菌球半侵襲性，也是伴感染性質，單純藥物治療效果不好，個別需要外科手術切除。 其它真菌，包括隱球菌多不需要治療，如果抵抗力下降可能會有進展，需要藥物治療，個別需要手術切除。肺孢子菌目前發病率也高，作為真菌，往往發生于抵抗力下降的艾滋病、糖尿病患者，如果機體抵抗力較好，治療比較及時，大部分都能治愈。所謂不能治愈患者往往身體狀況不良，抵抗力相當差，特別是一些基礎疾病，如腫瘤終末期合并感染往往不易控制。許多患者，包括一些老年人所謂的無疾而終，研究發現絕大部分都有肺部感染，對于真菌相對更復雜。