大便的標本通常要求1小時內送檢，此時檢查的結果才相對真實可信，能夠反映出腸道微生態變化的真實情況，如果超過1小時建議重新留取。檢測大便時需觀察其性狀、顏色、大便中微生物等，比如是否存在致病菌、寄生蟲，了解桿菌、球菌的比例，以及是否存在白細胞、紅細胞等異常情況。當大便中的微生物離開人體腸腔的環境進入自然環境中，需接觸空氣、壓力、溫度以及濕度等，均可能對微生物產生影響。如厭氧菌在腸腔內處于厭氧的環境，留取標本后厭氧菌處于自然狀態下就不是厭氧的環境，可能很快就會死亡或崩解，可能導致檢測不到此類微生物。