需要明確的是胃小間質瘤不會自己消失，更談不上癌變。有時臨床上在胃鏡下會觀察到胃有小隆起，可能非常小，過一段時間以后再復查時可能沒有看到，此時可能就會誤以為胃小間質瘤自己消失，這種情況可能是沒有觀察到，或者病變確實太小而沒有在報告上出現。從另一個角度上來講，胃小間質瘤也不會發生癌變。胃小間質瘤是來源于胃的間葉細胞，而癌是胃癌，是來源于腺上皮細胞，胃癌是惡性疾病，但胃小間質瘤不用良惡性來評判，而是用危險程度來評判。胃小間質瘤的危險程度分為極低危、低危，中危和高危，一般很小的瘤體往往是極低危，危險程度非常低，可以理解為良性，與癌是不同的疾病。