患者進行腎結石微創手術的住院時間較短，若不存在感染等并發癥，或嚴重的腎積水、腎臟功能不佳，則住院1-2天即可。醫生通常會提前1天將手術排上，患者早上來到醫院后進行麻醉、碎石，當手術完成后觀察數小時，下午即可出院。但若患者下午來到醫院，則可能需要留院觀察，并在晚上出院。手術排在第1臺的患者在下午可以出院，但排在后面的患者，如下午6點甚至8點進行手術的患者通常需住院觀察，在第2天甚至第3天才能出院，以保證術后的安全。患者住在醫院的情況下，若出現感染或不適，甚至部分腎結石的患者合并心臟病或哮喘，一旦發病可及時發現并及時處理。