腎結石產生的原因，可能與飲食、飲水、代謝相關。攝入的食物部分會被身體吸收，部分無法被吸收的食物會從糞便中排出。被吸收的食物可能會用作能量或應用于修復組織，但多數可能會產生代謝性廢物并從腎臟排出。當飲水過少、排出較多時，可能會超過溶解度而產生細小結晶，又稱為結石，結石不斷累積并變成腎臟結石。在臨床上較常見包括含鈣結石以及不含鈣結石，如尿酸結石、胱氨酸結石。隨著醫療技術的發展，目前無論結石的位置、大小情況如何，患者通常可通過微創的方式將結石排出。