通常嬰兒進行核磁共振檢查沒有傷害，核磁共振與CT檢查不同，不存在射線，因此較為安全。CT有X射線，而臨床核磁共振應用相對比較廣泛，可對嬰兒進行檢查，主要進行頭顱、胸部及腹部檢查，對嬰兒影響較小。核磁共振對于軟組織顯影以及血管顯影，比CT更為準確、精準，看到物質更為細微，嬰兒進行檢查時，應盡量采用核磁共振檢查，而非CT。但核磁共振費用相對較高，且核磁共振做檢查所需時間相對較長。嬰兒無法配合時需采用鎮靜劑，應使嬰兒在配合情況下，進行核磁共振檢查。