全身骨關節疼痛的原因，主要包括風濕病、鈣缺乏以及代謝性疾病。具體如下：1、風濕病：如風濕性關節炎，會讓全身骨關節產生疼痛，甚至使全身骨關節腫脹，關節周圍的肌肉也會產生疼痛癥狀；2、鈣缺乏：缺鈣導致的骨質疏松，尤其是重度骨質疏松，會表現為全身骨關節疼痛、乏力；3、代謝性疾病：如糖尿病或痛風，糖尿病并發周圍神經炎或痛風引發的痛風結石在全身多處關節沉積，也會造成全身關節疼痛。