結構上比較小的房間隔缺損如3-4mm，以及長在中間部位的小缺損可能自愈。房間隔缺損有一定自行愈合的傾向、可能性，但是事實上自行愈合發生率比起室間隔缺損比例是很低的。絕大部分房間隔缺損是不能自愈的，只有那些結構上比較小的缺損就是3-4mm可能自愈，通常大于5mm自行愈合的可能性就比較小。 本來診斷房間隔上有缺損，后來長好的，可能這些本來就不診斷是房間隔缺損，而是天然存在的結構叫卵圓孔未閉，隨著生長發育可以在1歲以內有自行愈合的可能性。另外要看房間隔缺損的位置，如果長在高的位置，靠近上腔靜脈，或低的位置，靠近下腔靜脈，其自行愈合的可能性又比較低。只有那些長在中間部位的有一定可能性，前提是非常小的缺損。