尿道下裂發病具有明顯家族傾向，屬于多基因遺傳問題，如WT1基因、SF1基因、5α-還原酶基因，但具體目前尚未明確。約20%-25%病例存在家族聚集、遺傳傾向，尿道下裂患者兄弟罹患此類疾病幾率為正常人10倍左右，約8%尿道下裂患者，父代也存在尿道下裂。 14%尿道下裂患者兄弟也罹患尿道下裂，因此尿道下裂具有一定遺傳、家族聚集傾向。同卵雙生雙胞胎或異卵雙胞胎中，有時同時發現尿道下裂情況。