外耳道存在真菌的患者可以使用抗真菌軟膏進行涂抹，從而抑制真菌生長。外耳道有霉菌生長稱為真菌性外耳道炎，由于外耳道內溫暖、潮濕，若患者經常搔刮外耳道使外耳道皮膚表面保護屏障消除，則可能會引起真菌感染。此類患者還可以使用改變真菌生活環境的藥物，如碳酸氫鈉滴耳液進行耳道內浸泡。此外，患者可使用具有殺滅真菌作用的軟膏，也可以得到較好療效。但在使用藥物后，患者應定期到耳鼻喉科清理耳道。由于真菌的菌絲會混在滴耳液或軟膏內，若不清除混有真菌的藥物，當水分蒸發后，真菌可能會再次生長，從而導致真菌性外耳道炎的復發或癥狀的反復。