腎盂腎炎屬于感染性疾病，需給予適當的抗感染治療。多數腎盂腎炎是由于逆行感染所致，大腸桿菌為較常見的致病菌，應選擇針對桿菌的藥物，如喹諾酮類藥物，目前有新一代的喹諾酮類藥物可以應用。若患者由于全身疾病導致免疫功能下降，為血源性感染，建議根據藥敏結果進行尿培養，選擇有效的抗菌藥物。在治療療程上，通常急性腎盂腎炎的抗感染治療最少需2周，之后根據病情再決定口服抗菌素或其它建議，根據實際的情況和病情控制，必要時反復進行尿培養，檢測是否有細菌生長以及是否徹底治愈。若急性腎盂腎炎未得到有效控制，會慢性遷延、反反復復發作，最后發展為慢性腎盂腎炎，可引起腎臟實質受損，影響腎臟功能，出現血肌酐升高，最終走向尿毒癥。