頭疼、眼睛脹痛的原因有以下幾點：1、叢集性頭痛：叢集性頭痛可以導致頭部和眼部疼痛，叢集性頭痛是一種原發性頭痛，具體的原因還不是非常明確；2、海綿竇血栓形成：海綿竇的血栓形成，也可以有頭疼和眼痛的表現，除了頭疼和眼痛，可能還會伴有眼球活動肌肉麻痹，出現復視、眼瞼下垂等癥狀；3、痛性臉肌麻痹：痛性臉肌麻痹目前認為可能是一種非特異性肉芽腫性的炎癥，侵犯了海綿竇以及相應的區域，從而出現頭疼以及眼睛的疼痛，伴有眼瞼下垂、眼球活動的異常，以及視物有雙影等臨床表現。所以造成頭疼和眼部疼痛的原因比較多，具體的原因需要結合患者是否伴有其他的癥狀、體征等進行判斷，必要時還需要輔助核磁等其他檢查，才能夠明確。