幽門管潰瘍是由于在胃出口的特殊的部位，所以潛在的危害可能更大。幽門管潰瘍的臨床特點是腹痛不具有典型特點，但腹痛會比較頑固。 尤其在進食以后，胃內容物排空時，尤其是粗硬食物不容易排空，會引起比較頑固的腹痛，但又不是典型的空腹疼痛。 另外，典型特點是容易出現梗阻，幽門管潰瘍如果發生梗阻，是比較嚴重的并發癥。這時病人頻繁嘔吐，不能進食，所以有些病人會出現由于不能進食、嘔吐所導致的營養不良、消瘦、體重下降和電解質紊亂等。 所以幽門管潰瘍相對其它潰瘍比較嚴重，另外，幽門管潰瘍更容易發生并發癥，如穿孔、出血等。