小腦萎縮目前病因并不是較明確，比如變性病相關的小腦萎縮，比如多系統萎縮也可能會有小腦萎縮，小腦萎縮原因目前認為有以下情況：1、原發性少突膠質細胞變性形成α-突觸核蛋白，少突膠質細胞導致神經脫髓鞘后，繼而激活小膠質細胞，引起神經元變性和死亡；2、神經元本身α-突觸核蛋白大量聚集導致神經元死亡；3、植物神經系統受累、錐體處受累。對于這類疾病沒有特別好的治療方法，目前這類變性疾病病因，仍然處于對疾病認識和探索的過程，沒有特別確切的定論。