百令膠囊和金水寶的成分都稱之為發酵的蟲草菌粉，但兩者還有一定的區別。具體區別如下：1、成分來源不同：百令膠囊中蟲草菌株的來源是來源于四川康定地區，而金水寶的來源是來自青海地區。所以兩者來源不一樣，成分還是有差別；2、錄入藥典時間不同：在2000版的藥典里，先是金水寶進入了藥典，而在05年時百令膠囊才加入了藥典；3、適應證不同：從功效而言，兩個藥的功效都是補腎、益肺、益精血。但在適應證上，百令膠囊主要是治療慢性氣管炎的輔助用藥；而金水寶可以治療陽痿、月經不調等，其適應證比百令膠囊更廣。但是，百令膠囊與金水寶都應該作為處方藥在臨床上使用，所以用藥前一定要針對患者的具體特點、具體的疾病狀況，最好在中醫師的辨病、辨證基礎上，來決定其是否適合應用這兩個藥物，或者選擇其一在醫生處方的指導下來應用。只有這樣，才能使藥物具有一定的適應證，發揮一定的療效，具有一定的安全性。最好在用藥前，在藥師的指導下結合藥品的說明書，充分了解這兩個藥物以后再開始使用。