懷孕女性通常不能打九價宮頸癌疫苗，且不能打其他兩種宮頸癌疫苗，如二價和四價宮頸癌疫苗。疫苗通常需要接種三針，如果在打完第一針或第二針疫苗后發現懷孕，則需要終止之后的疫苗注射。如果準備懷孕，也建議不要打宮頸癌疫苗。此外，如果想打宮頸癌疫苗，要做好避孕措施，排除懷孕情況，等下次來月經再打宮頸癌疫苗，才較為安全。雖然有試驗證明，宮頸癌疫苗在動物中并沒有證據證明對胎兒有影響，但人體研究有限，為安全起見，應在打疫苗前確定有無懷孕。