目前試管嬰兒取卵的方法大部分或者99.999%，都是通過B超引導下穿刺取卵。在B超引導之下用較長的一根針經過陰道，然后經過后穹隆直接到達卵巢內部，在B超下看到卵泡，然后進行卵泡穿刺，將卵泡液、卵細胞吸出，接著再穿下個卵泡。總體損傷較小，一側卵巢一般穿刺一次就可將整個卵巢里的卵泡吸干凈，取出卵子，然后再換個方向穿刺另一側卵巢。個別情況下卵巢位置不好或者卵巢過大，有時需要穿刺2-3次，有時甚至可能會穿透子宮肌壁才能到達卵巢。 個別病人在做穿刺時，即便是較細的針，也可能會損傷到膀胱、血管造成出血，但是這種發生率較低。此方法效果較好，損傷較小，會有疼痛。有些生殖中心能采取無痛取卵，有些生殖中心還做不到每個人都無痛，所以會有鎮痛的方法。