針灸科主要治療疾病有神經系統疾病，包括各種類型的神經痛以及神經損傷，另外還可以治療骨傷科疾病等，具體如下：一、神經系統疾病1、神經痛：包括三叉神經痛、坐骨神經痛、肋間神經痛、帶狀皰疹后遺神經痛等，上述疼痛都可以用針灸進行治療；2、神經損傷：神經損傷非常常見，如中樞神經損傷，像腦梗塞、腦出血遺留的神經損傷，以及各種腦部手術引起的神經損傷造成的偏癱或者其他的神經缺損狀態，還有脊髓炎引起的中樞神經損傷、脊髓損傷，還有外傷引起的截癱。除此之外，神經損傷還可見于周圍神經損傷，比如面癱、橈神經損傷、脛神經損傷、尺神經損傷等，也可以用針灸進行治療。二、骨傷科疾病：1、脊柱疾病：包括頸椎病、腰椎病等；2、關節疾病：膝關節炎、肩周炎等關節性疾病；3、軟組織損傷：如腰肌勞損、腰背肌筋膜炎；4、風濕骨痛：比如類風濕性關節炎、強直性脊柱炎等，都可以用針灸進行治療。除此之外，針灸還可以治療其他內科雜病，則不再一一復述。