免疫治療只是針對有免疫因素，不同流產因素中部分免疫因素引起的流產情況，免疫治療較為有效。 流產免疫治療指夫妻之間出現相互排斥的情況，即封閉抗體陰性，以前用丈夫的淋巴細胞做免疫治療。目前這種治療方法已經被廢除，現在免疫治療主要用免疫調節劑、免疫抑制劑或者其它免疫輔助藥物，比如抗凝劑。因為免疫因素導致的流產會引起血栓風險增加，所以抗凝、抗血栓藥物也納入到免疫治療范疇。