咽鼓管堵塞應根據病情、致病因素的不同，采取適當、有針對性的治療措施，有效緩解咽鼓管堵塞的問題。若同時存在過敏性鼻炎以及鼻竇炎，需使用鼻噴激素，比如糠酸莫米松或氟替卡松噴鼻，還可適當使用抗組胺藥以及白三烯受體拮抗劑，比如孟魯司特。對于小孩有腺樣體肥大，需要通過腺樣體切除手術，改善咽鼓管堵塞。咽鼓管堵塞只存在于一側時，需進行鼻咽內鏡檢查，判斷鼻咽部有無腫瘤存在，比如鼻咽癌即為導致一側咽鼓管堵塞常見因素。堵塞癥狀的發生也可與胃酸胃液反流到鼻咽部，刺激咽鼓管在鼻咽部的開口，使咽鼓管發生咽鼓管炎、咽喉管黏膜腫脹，從而使咽喉管堵塞。也應針對胃酸反流，使用抑制胃酸的藥物進行治療，比如質子泵抑制劑，才會取得較好的療效。此外咽鼓管堵塞的多數原因并不明確，必要時可以考慮進行咽鼓管球囊擴張治療。