包皮潰瘍根據不同原因，使用的藥物有所不同，具體如下：1、淺表性潰瘍性包皮龜頭炎：病人發生淺表性潰瘍性包皮龜頭炎時，可以用碘伏局部涂抹，還可以用百多邦局部涂抹。病人出現支原體、衣原體反復感染引起包皮潰瘍、糜爛時，可以用紅霉素軟膏局部涂抹；2、梅毒感染：病人發生梅毒螺旋菌感染時，會引起包皮隆起性潰瘍，邊界清楚呈圓形，觸摸時質地較硬，常不伴有疼痛或瘙癢癥狀。潰瘍面有漿液性分泌物，做血清學檢測時如梅毒螺旋體陽性，可以使用長效青霉素肌注治療，通過足量療程的青霉素治療后，多數病人由梅毒引起的硬下疳癥狀會明顯好轉。軟下疳常由短棒狀桿菌感染引起，可以選用頭孢哌酮加舒巴坦靜脈輸液治療，局部使用碘伏消毒治療。通過上述藥物治療后，由軟下疳引起的包皮潰瘍癥狀也會明顯好轉。