如果早孕期間行B超檢查發現孕囊過小，后期胚胎是否可以發育正常需要根據患者月經是否正常具體分析：1、月經規律：孕婦孕囊偏小，可以動態評估孕酮和人絨毛膜促性腺激素(HCG)。如果人絨毛膜促性腺激素(HCG)翻倍不佳，孕酮水平較低，孕囊發育較小，可能會發生胚胎停育。胚胎停育是孕早期胚胎正常淘汰的過程，屬于自然淘汰。如果人絨毛膜促性腺激素(HCG)翻倍較好，孕酮水平較高，可以密切觀察孕囊發育；2、月經不規律：孕婦要核對孕周，如果孕囊開始較小，后期發育較好，可以觀察胎心、胎芽，月經周期較長的孕婦出現胎心、胎芽的時間可能較晚。