滴蟲性陰道炎較難自愈，因為滴蟲的存活性較強，所以難以自行消退和徹底治愈，需要采用藥物治療，如應用甲硝唑。甲硝唑分為口服和陰道給藥兩種途徑，治療滴蟲性陰道炎，強調伴侶同治。因為性伴侶是導致滴蟲性陰道炎發生的直接相關因素，如果性伴侶僅一方治愈，治愈后存在性接觸，則會存在另外一方反復交叉感染的風險。另外女性滴蟲性陰道炎患者，需要使用甲硝唑類栓劑局部給藥，從而治療癥狀。另外床單、被褥、馬桶蓋也應進行徹底消毒，因為這些地方可能會成為間接傳染源，從而導致疾病復發。