絕大部分肛周膿腫都可以治愈。急性期肛周膿腫經過充分引流換藥以后，新鮮組織會充填到整個膿腔，局部修復后可以完全治愈膿腫。慢性膿腫即形成肛瘺以后，可以切開、局部掛線，或用其它保守治療的方法，都可以將肛周膿腫治愈。 對于肛周膿腫合并結核、潰瘍性結腸炎、克隆氏病等疾病，一定要積極治療原發病。高血糖患者容易并發肛周膿腫，如果血糖控制不利，肛周膿腫也不容易得到控制，一定要積極治療原發病癥，控制后絕大部分肛周膿腫都可以治愈。