對于新生兒黃疸，治療方法也分為對因治療和對癥治療兩大方面。對因治療顧名思義是針對引起黃疸誘因做出治療，例如較常見引起新生兒黃疸原因，新生兒溶血病或新生兒感染等。需給予特殊藥物，比如給予丙種球蛋白或抗生素，封閉導致溶血抗體及殺滅病原體，才能從根本上達到退黃目的。 除此之外常見引起黃疸原因，也就是母乳喂養相關黃疸或母乳性黃疸，前者需注意加強喂養，后者需通過停母乳幫助確認病因。一旦確認母乳性黃疸，可繼續母乳喂養。只有這類黃疸不需特殊治療。除對因治療外，沒明確病因或已經明確，但黃疸水平很高，需針對黃疸本身處理。 目前世界上公認最安全有效的退黃方法是光照療法，也就是照藍光。光療實際上不只限于藍光照射，也可能有白光或藍綠光等不同光源，都可起到退黃作用。需要注意，光照療法對退黃是最有保證和安全的治療方式，但治標不治本。 光療只能分解皮膚表層膽紅素，促進排泄。但如果引起黃疸誘因持續存在，比如有感染或母乳性黃疸，孩子身體里會持續不斷產生膽紅素，一旦停止光療，皮膚會再次顯現黃疸。因此對因治療是最根本治療方式。 除光療外，以前甚至現在都有些醫生推薦使用中成藥或肝酶誘導劑等藥物幫助退黃。另外益生菌本身也不起退黃作用，但益生菌可幫助孩子保持排便通暢。自然狀態下膽紅素大部分通過糞便排出，所以益生菌可有一定間接幫助退黃作用，但并不起直接退黃作用。因此對于黃疸，先要找到病因對因處理，最安全有效處理方式是光照療法。