碳14尿素呼氣試驗的正常值為＜100dpm，此時提示體內并不存在幽門螺桿菌，如果＞100dpm，數值越高，顯示體內可能存在幽門螺桿菌的可能性越大。但碳14尿素呼氣試驗的數值可能會受到藥物、飲食以及一些疾病狀態的影響。如果近期服用過抗生素，隨后進行呼氣試驗，可能會出現假陰性。因為抗生素可以抑制幽門螺桿菌活性，從而導致檢測不出幽門螺桿菌，但其實受檢者體內有細菌存在。同理，如質子泵抑制劑，包括奧美拉唑、艾司奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑等，以及鉍劑，包括膠體果膠鉍等，這些藥物同樣也會抑制幽門螺桿菌活性，使檢查結果出現假陰性。因此，當進行碳14尿素呼氣試驗之前，至少停用抗生素4周以上，停用胃藥2周以上。如果存在較為嚴重的疾病時，如發現上消化道出血，考慮存在消化性潰瘍，在急性期時做呼氣試驗也可能會出現假陰性，所以通常需在出血停止1個月后再進行復查，結果會更為準確。