胸腔鏡特有的并發癥比較少，主要是進入胸腔鏡器械的周圍出血和疼痛，其它跟常規開胸手術類似。這些并發癥包括肺炎、肺不張或肺部膨脹不全，包括心律失常，甚至有出血、血栓栓塞、切口液化、感染或支氣管殘囊瘺。 肺癌胸腔鏡術后并發癥與開胸類似，因為兩者在手術操作過程當中以及手術步驟和切除范圍、淋巴結清掃都相同。兩者相比較，胸腔鏡的并發癥幾率小于開胸，因為創傷相對要小、恢復要快，而且患者生活質量相對要高，逐漸為大家所接受。