對于Rathke囊腫手術后復發概率，目前沒有十分確切的統計學數字，Rathke囊腫作為先天性囊腫，如果通過手術方式將囊腫全切，則在術后不會復發。而如果由于各種原因如囊腫壁與正常垂體、視神經、視交叉的重要結構粘連過于緊密，未能實現手術全切，在手術之后有囊腫復發風險，必要時還需考慮再次手術治療。特別是Ratnke囊腫復發后，體積還在進行性增大，并且產生對垂體、垂體柄、視神經、視交叉的壓迫癥狀，則需要考慮再次進行手術治療。對于沒有明顯癥狀，只是在影像學復查時發現Rathke囊腫復發，可以考慮繼續進行臨床隨訪觀察，不必急于手術治療。在多年觀察過程中，如果復發的囊腫逐漸增大，并且使患者出現癥狀，可以考慮再次進行手術治療。