試管嬰兒和自然妊娠一樣，每次成功妊娠以后也有自然流產的風險，但是其流產風險要比自然妊娠低，因為胚胎都是經過形態學優選胚胎，甚至是第三代試管嬰兒，都是做了遺傳學評估的胚胎。這種流產的風險明顯降低，普通一代、二代試管嬰兒流產率一般在15%左右。 第三代試管嬰兒又分為兩種，一種是針對于夫婦雙方有一方合并有染色體異常，比如羅氏易位攜帶者或者平衡易位攜帶者，這部分患者自然妊娠的流產率高達60%-70%甚至90%以上，但是做第三代試管嬰兒，流產率可以降到20%以下。做三代試管嬰兒的病人，其是因為復發性流產或者女方高育齡原因來做第三代試管嬰兒，通過做胚胎遺傳學檢測也能顯著降低自然流產的風險。