但是按照0、1、6的正規注射模式進行注射乙肝疫苗，也大約有5%-10%的人，不能產生表面抗體，主要是因為機體的內、外多種因素綜合作用的結果，其中特異的免疫應答反應，起較為重要的作用。乙肝疫苗的成分主要是表面抗原，注射乙肝疫苗刺激機體產生表面抗體，因為表面抗體能中和乙肝病毒，從而起到保護作用。而免疫失敗常見于年齡較大、糖尿病，或者應用免疫抑制劑，HIV感染的等免疫功能低下人群。可以采用增加免疫注射次數的方法，刺激免疫反應，還可以通過增加劑量的方法，可以注射60μg的乙肝疫苗，刺激抗體的產生。還有可以更換廠家或者品種，采用進口疫苗來注射，促使產生免疫應答。