膽汁反流性胃炎臨床表現不盡相同，所以治療方法也不同。如果病人以胃脘脹滿、脘腹疼痛、胃失和降為主要表現，可以應用胃蘇顆粒、氣滯胃痛沖劑等治療。若病人出現膽胃不和、胸脘痞悶、腹脹、納差、口干、口苦、口黏、大便黏滯不爽、舌紅、舌苔黃膩等，可以應用疏肝利膽的中藥治療，比如龍膽瀉肝丸。舊版龍膽瀉肝丸中含有關木通和馬兜鈴酸，可能引起腎功能衰竭。新版龍膽瀉肝丸通常不會引起腎功能衰竭。但服用時要注意中病即止，不要服用過多、時間過長，因為苦寒可以傷胃。濕熱中阻病人可以服用楓蓼腸胃康，肝郁脾虛病人可以服用逍遙丸，均可改善不適癥狀。